Nel Rinascimento si risistemò la facciata e si effettuarono sostanziali lavori interni. L’interno è diviso in tre navate, con volte a crociera poggiate su pilastri, il cui rivestimento marmoreo e l’ornamentazione pittorica si devono al restauro del 1850.
Già nel sec. VIII accanto a questi templi sorgeva una piccola chiesa che papa Zaccaria concesse a delle monache basiliane fuggite dall'Oriente. 

La congregazione costituisce il ramo femminile dell'Ordine di San Basilio Magno: le sue origini vengono fatte risalire al IV secolo, quando san Basilio e sua sorella Macrina fondarono un monastero femminile.

Nel 1255 Alessandro IV stabilisce in questi luoghi una più ampia comunità di Convertite e la Chiesa apparteneva alle Benedettine di Campo Marzio. 

Ma le monache vennero presto espropriate e solo un anno dopo, nel 1256 vi si insediano i Frati Predicatori che nel 1275 ottennero anche il possesso della Chiesa. 

Nei primi del 1300 questa realtà domenicana diventa una tra le più importanti della città di Roma, ospitando più di cinquanta frati. Nel 1577 Giovanni Solano istituisce nel convento il Collegio di San Tommaso d'Aquino, oggi la pontificia università San Tommaso d’Aquino (Angelicum) con lo scopo di assicurare una formazione intellettuale e spirituale ai frati domenicani d’Italia.

ELEFANTINO VANDALIZZATO SU UNA ZANNA

L'ELEFANTINO

Un grazioso elefantino sorregge l'obelisco dell'elegante Piazza della Minerva, a lato del Pantheon. La piazza deriva il proprio nome dal culto di Minerva Calcidica cui, nell'antichità, Gneo Pompeo Magno fece erigere un tempio proprio qui sotto. La statua della divinità, rimossa dal sito originario, si trova oggi in Vaticano. 

L'obelisco in granito rosa, uno dei tredici obelischi antichi di Roma, proveniente dall'Iseum, era dedicato alla Dea Neith, equivalente egizio della Dea romana Minerva, e fu riportato alla luce durante degli scavi effettuati nel chiostro.

Il piccolo complesso monumentale, che svetta nella bella piazza, fu fatto erigere nel 1667 da Papa Alessandro VII. che commissionò a Gian Lorenzo Bernini una statua elefantina, ispirata a un disegno contenuto all'interno del romanzo allegorico "Hypnerotomachia Poliphili", scritto dal frate domenicano Francesco Colonna. L'elefante avrebbe dovuto simboleggiare la forza, evocata anche dall'iscrizione presente sul basamento: “E' necessaria una mente robusta per sorreggere una solida sapienza”.

I Domenicani, membri attivi della Santa Inquisizione, invidiosi del Bernini, lo criticarono per non aver inserito, sotto la pancia del pachiderma, un cubo a sostegno della struttura. Sebbene Bernini fosse certo della solidità del monumento, dovette realizzare un riempimento in pietra sotto la pancia dell'animale, coprendola con una lunga ed elegante gualdrappa scolpita.

Allora Bernini concepì l'elefantino in modo che volgesse il posteriore verso il convento domenicano, accentuandone la posa irriverente con la coda alzata e la proboscide all'indietro. La modifica architettonica pretesa dai Domenicani appesantì l'elefantino, facendolo apparire tozzo, ribattezzato dai mordaci romani come "Porcino della Minerva", che alla fine divenne Pulcino della Minerva.

Ci chiediamo come mai non si proceda agli scavi sotto la piazza, scavi iniziati molti anni fa e subito ricoperti, in cui avemmo però la possibilità di osservare una splendida scalinata d'epoca romana, a circa 5-6 m di profondità, che riguardava sicuramente l'antico tempio della Minerva.

Qui fu pronunciata la sentenza contro Galileo Galilei, e nel medesimo salone fu costretto ad abiurare pena il rogo: “Feria IV dicembre, die 22, junii 1633 – Galilaeus de Galilaeis, fiorentinus, abjuravit de vehementi in Congregatione et iuxta formulam”.

LE ZITELLE DA DOTARE

L'Arciconfraternita venne fondata nel 1460 dal card. Giovanni de Torquemada torturatore spietato della Santa Inquisizione, presso la chiesa di S. Maria sopra Minerva. Uno dei compiti era quello di salvare le giovani donne, che per mancanza di mezzi venivano spesso trascinate alla prostituzione. Pertanto ebbero come scopo principale quello di dotare le «zitelle» romane povere. 

La confraternita elaborava ogni anno degli elenchi nei quali potevano iscriversi le fanciulle che avessero compiuto 15 anni. Dopo tre anni di prova, se ritenute meritevoli, le zitelle ritiravano la dote durante una cerimonia che si svolgeva, presente il pontefice, nella chiesa di S. Maria sopra Minerva il giorno dell'Annunciazione. 

La confraternita arricchitasi per i molti lasciti tra i quali l'intero patrimonio di papa Urbano VII riusciva a pagare fino a 600 doti in un solo anno.

Una notificazione dell’Arciconfraternita dell’Annunziata di Roma, prescriveva il vestire delle zitelle ammesse al sussidio dotale, con avvertenza che esso verrà ritirato a quelle che portano "guardinfante (struttura che teneva ampia la gonna) o vestiti di seta o scollature" (Archivio vaticano, bandi sciolti, anno 1657-1662). 

Le ammantate col capo velato, dovevano aver ricoperto il collo, il mento, la bocca, e per poter vedere potevano scoprire un solo occhio. Una vera tortura, esempio di quanto abbia da sempre visto di buon occhio le donne l'istituzione maschile e maschilista della Chiesa.

PLANIMETRIA DELLA BASILICA

Una pena usata pure presso quei reverendi Padri: "domenica 8 agosto 1728 – Questa mattina, per tutto il tempo dei divini uffici della Minerva, fu accanto alla porta esposto con mordacchia alla bocca e candela in mano, un fruttarolo con cartello: “Per bestemmie ereticali, dieci anni di galera”. 

Nel 1791 vennero bruciati "i libri magici e le carte proterve del Cagliostro" (Giuseppe Balsamo), condannato prima a morte, poi al carcere perpetuo (morì a S. Leo il 5 settembre 1795), ed ebbe bruciati dal boia i suoi manoscritti in piazza della Minerva: "L'esecuzione è durata tre quarti d'ora”.